甲状舌管囊肿主要通过手术治疗，一般确诊后建议尽早手术切除，手术时机通常没有严格的年龄限制，但婴儿时期手术可能面临一些特殊情况，儿童及成人一般尽早做更好。
手术治疗为主
手术原理： 甲状舌管囊肿是与甲状腺发育有关的先天性畸形，手术要完整切除囊肿及连接舌骨的导管，防止复发。手术一般在全麻下进行，医生会根据囊肿位置等情况设计合适的切口。手术时机： 虽婴儿时期可手术，但如果囊肿较小且无感染等情况，也可等孩子稍大些再做，比如1岁以后；而对于儿童和成人，确诊后建议尽早手术，避免囊肿反复感染等问题。
非手术治疗情况极少
适用情况： 一般甲状舌管囊肿没有有效的非手术治疗方法，药物治疗通常无效。只有极个别情况，比如囊肿很小且暂时不适合手术，可密切观察，但这种情况非常少。注意事项： 密切观察期间要注意囊肿有无红肿、疼痛、增大等情况，如果出现这些变化，就要及时考虑手术。
术后恢复相关
术后护理： 手术后要保持切口清洁干燥，遵医嘱按时换药。一般术后1周左右拆线。饮食上要注意清淡，避免吃辛辣刺激性食物，减少对切口的刺激。复发情况： 虽然手术切除完整复发率较低，但仍有一定复发可能，大约在1% - 5%左右。如果复发可能需要再次手术。