胆管扩张的原因主要包括先天性因素、胆道梗阻和寄生虫感染等。其中先天性因素较为常见，约占胆管扩张症病因的80%左右。
先天性因素
胆道发育异常：胚胎时期胆管发育异常是导致胆管扩张的重要原因。在胚胎发育的第5周左右，原始胆管开始形成，若在此过程中胆管上皮细胞和间充质发育不均衡，就可能引发胆管扩张。例如，胆总管远端发育不良，会使得胆管内压力升高，逐渐导致胆管扩张。遗传因素：部分胆管扩张症具有遗传倾向。研究发现，某些基因的突变可能与胆管扩张的发生相关。如果家族中有胆管扩张症患者，其亲属患病的风险相对较高，但具体的遗传模式较为复杂，不是简单的孟德尔遗传方式。
胆道梗阻
结石堵塞：胆管内结石的形成会引起胆道梗阻。胆管结石可能是胆固醇结石、胆色素结石等。当结石卡在胆管内时，胆汁排出受阻，近端胆管就会扩张。据统计，约15% - 20%的胆管扩张症患者是由于胆道结石引起的梗阻所致。肿瘤压迫：胆管周围的肿瘤，如肝癌、胰腺癌等，可能会压迫胆管，导致胆道梗阻。肿瘤逐渐生长，会侵占胆管的空间，使胆汁通过受阻，进而引发胆管扩张。这种情况在中老年患者中相对多见。
寄生虫感染
蛔虫感染：蛔虫是常见的肠道寄生虫，如果蛔虫逆行进入胆道，会引起胆道梗阻，从而导致胆管扩张。尤其是在卫生条件较差的地区，蛔虫感染较为常见，进而增加了胆管扩张的发病风险。蛔虫进入胆管后，会刺激胆管平滑肌痉挛，同时占据胆管空间，使胆管内压力升高，造成胆管扩张。华支睾吸虫感染：华支睾吸虫主要寄生于胆管内，长期的华支睾吸虫感染会引起胆管的炎症反应和纤维组织增生，最终导致胆管扩张。在一些有生食或半生食淡水鱼虾习惯的地区，华支睾吸虫感染率较高，胆管扩张的发生率也相应增加。华支睾吸虫在胆管内寄生，会破坏胆管的正常结构和功能，影响胆汁的正常流动，引发胆管扩张。