胆管扩张的原因主要包括先天性因素、胆道梗阻以及寄生虫感染等。其中先天性因素较为常见，约占胆管扩张病例的80%左右。
先天性因素：胆管发育异常
胚胎期胆管上皮发育不平衡： 在胚胎发育过程中，胆管上皮细胞的增殖与空泡化过程如果出现不平衡，就可能导致胆管扩张。例如，胚胎早期胆管上皮细胞过度增殖，之后空泡化不全，就会使胆管壁薄弱，容易发生扩张。遗传因素相关： 有一定的遗传倾向，部分患者存在相关基因突变，使得胆管结构在发育阶段就出现异常，从而引发胆管扩张。
胆道梗阻引起
结石堵塞胆管： 胆管内如果有结石形成，比如胆红素结石等，就会阻塞胆管，导致胆汁排出不畅，近端胆管压力增高，进而引起胆管扩张。据统计，因胆管结石导致胆管扩张的病例占胆道梗阻相关胆管扩张的30% - 40%。胆道寄生虫： 像华支睾吸虫感染，成虫在胆管内寄生，会引起胆管的炎症反应和阻塞，长期刺激可导致胆管扩张。患者感染华支睾吸虫后，若未及时治疗，随着虫体在胆管内的寄生繁殖，逐步造成胆管梗阻和扩张。
其他少见原因
胆管狭窄后扩张： 胆管本身存在先天性或后天性的狭窄，狭窄部位近端的胆管会因胆汁淤积而逐渐扩张。后天性狭窄可能由胆管炎、手术损伤等引起，炎症导致胆管壁纤维组织增生，管腔变窄，进而引发近端胆管扩张。自身免疫性疾病影响： 某些自身免疫性疾病可能累及胆管系统，导致胆管炎症和结构改变，引发胆管扩张。不过这类原因相对较少见，在胆管扩张病因中占比不足5%。