口腔溃疡常用的有效药物有局部用药和全身用药等。一般来说，局部用药能较快缓解症状，比如使用含漱剂、含片等。
局部抗炎类药物
含漱剂： 如氯己定含漱液，它能减少口腔细菌，一般每天含漱2 - 3次，每次含漱10 - 30秒，可帮助减轻口腔溃疡部位的炎症。含片： 西地碘含片，含服时药物可在口腔内缓慢释放，起到杀菌抗炎的作用，缓解口腔溃疡引起的疼痛等不适。
止痛类药物
凝胶类： 复方苯佐卡因凝胶，它可以在溃疡表面形成一层保护膜，快速减轻疼痛，涂抹时轻轻涂在溃疡处即可，但要注意儿童使用需谨慎，避免误吞。喷雾类： 口腔炎喷雾剂，直接喷于口腔溃疡部位，能起到止痛、消炎的效果，使用方便。
促进愈合类药物
贴片类： 醋酸地塞米松粘贴片，利用药物的抗炎作用，促进口腔溃疡的愈合，贴于溃疡处，一次一片，一日总量不超过3片。散剂： 冰硼散，具有清热解毒、消肿止痛的功效，将散剂涂于溃疡表面，能促进溃疡愈合，但使用时可能会有短暂的刺激感。
全身用药
维生素类： 对于因缺乏维生素引起的口腔溃疡，可补充维生素B族等。比如维生素B2，一般成人每天补充量在2 - 10毫克左右，能参与机体的代谢，帮助维持黏膜的正常功能。免疫制剂： 对于反复发生且较严重的口腔溃疡，可能会用到免疫制剂，如转移因子口服液等，但这类药物需要在医生的严格评估下使用，因为其有一定的适用人群和禁忌证，比如孕妇、哺乳期女性等使用时需谨慎。