口腔溃疡常用的有效药物有局部用药和全身用药等。一般来说，局部用药缓解症状较快，比如使用含有糖皮质激素的药膏，能在1 - 2天内减轻疼痛、促进愈合。
局部用药类
含漱液： 氯己定含漱液是常见的，它可以杀菌消炎，每天含漱2 - 3次，能抑制口腔内的细菌滋生，有助于口腔溃疡创面的恢复。不过，儿童使用时要注意浓度，避免误吞。贴片类： 醋酸地塞米松粘贴片，能直接作用在溃疡面上，起到抗炎、减轻水肿的作用。贴的时候要注意清洁口腔，将贴片准确贴在溃疡处，一般一次用一片，每天不超过3次。
促进愈合类
生长因子类药物： 重组人表皮生长因子凝胶，它能促进口腔黏膜细胞的增殖、迁移，加快溃疡面的愈合。涂抹时要轻柔，保持溃疡部位清洁干燥，一般每天涂抹2 - 3次。中药类： 冰硼散也是常用的，它有清热解毒、消肿止痛的功效。用药时用棉签蘸取少量冰硼散涂抹在溃疡处，可能会有短暂的刺痛感，但能帮助溃疡收敛。不过，儿童使用冰硼散要小心，避免大量吞咽。
全身用药类
维生素类： 当口腔溃疡是因为缺乏维生素引起时，补充维生素B族可能有帮助。比如维生素B2，一般成年人每天补充1 - 2次，每次1 - 2片，但要注意不能过量服用。对于因免疫力低下导致的口腔溃疡，可能会用到免疫调节剂，如转移因子口服液等，但这类药物需要在医生的指导下使用，因为它有一定的适应证和禁忌证，比如孕妇、哺乳期妇女使用时要谨慎评估。