治疗毛囊炎常用的药物有抗生素类药物等，一般局部外用抗生素类药物较为常见，比如莫匹罗星软膏，它对革兰阳性球菌有较好的抗菌作用，能有效抑制毛囊炎处的细菌感染，通常连续使用几天就能看到一定效果。
外用抗生素类药物
莫匹罗星软膏： 适用于革兰阳性球菌引起的毛囊炎，可局部涂抹在患处，能抑制细菌生长。一般针对轻度的毛囊炎，涂抹后能减轻炎症、缓解症状。夫西地酸乳膏： 对引起毛囊炎的常见细菌有良好的抗菌活性，外用时能渗透到皮肤内，发挥抗菌消炎的作用，帮助改善毛囊炎的红肿、疼痛等表现。
抗真菌类药物
酮康唑乳膏： 如果是由真菌感染引起的毛囊炎，使用酮康唑乳膏就比较合适。它能抑制真菌细胞膜的合成，从而发挥抗真菌功效，连续使用一段时间可缓解真菌性毛囊炎的症状。特比萘芬乳膏： 同样针对真菌性毛囊炎，通过干扰真菌固醇的合成来起到杀菌作用，局部涂抹后能减轻真菌感染导致的毛囊炎症状。
系统用抗生素
头孢类抗生素： 对于病情较为严重、范围较大的毛囊炎，可能会需要口服头孢类抗生素，如头孢拉定等。但这类药物属于处方药，需要在医生的指导下使用，因为它有一定的适应证和禁忌证，不是所有人都适合。大环内酯类抗生素： 像红霉素等大环内酯类抗生素也可用于治疗毛囊炎。它可以抑制细菌蛋白质的合成，从而发挥抗菌作用，一般用于对青霉素过敏的患者或者适合使用此类药物的毛囊炎患者。在使用药物治疗毛囊炎时，要注意保持皮肤清洁，避免搔抓患处，防止感染加重。同时，不同类型的毛囊炎用药有所不同，所以如果出现毛囊炎症状，最好先就医明确病因，再在医生的指导下选择合适的药物，特别是特殊人群如儿童、孕妇等，用药更要谨慎，需遵循医生的专业建议。