毛囊炎治疗用药需根据病情选择，一般局部外用药物较为常用，比如2%莫匹罗星软膏，对于轻症毛囊炎有一定效果，通常用药后几天内症状可能会有所改善。
外用抗生素类药物
莫匹罗星软膏： 这是一种局部外用的抗生素，能抑制细菌的生长繁殖。它适用于革兰阳性球菌引起的毛囊炎，直接涂抹在患处即可，一般连续使用几天，炎症可能会逐渐消退。夫西地酸乳膏： 也属于外用抗生素，对引起毛囊炎的常见细菌有抗菌作用，涂抹后能帮助减轻毛囊炎部位的红肿、疼痛等症状，使用时要注意保持患处清洁干燥。
抗真菌类药物
酮康唑乳膏： 如果是真菌引起的毛囊炎，使用酮康唑乳膏就比较合适。它可以抑制真菌细胞膜的合成，从而发挥抗真菌功效。一般需要连续涂抹几周，具体时间根据病情严重程度而定。特比萘芬乳膏： 同样用于治疗真菌性毛囊炎，能干扰真菌固醇的早期生物合成，起到杀菌和抑菌的作用，使用时要按照疗程使用，以确保彻底杀灭真菌。
其他外用药物
鱼石脂软膏： 早期毛囊炎如果有化脓倾向时可以使用，它有消肿、止痛、促进炎症局限的作用。涂抹后能使炎症部位的症状得到一定缓解，帮助病情好转。碘酊： 对于细菌感染引起的毛囊炎，碘酊也有一定的杀菌作用，但使用时要注意不要涂抹到正常皮肤上，避免引起刺激。不过现在临床上使用相对没有以前那么普遍了，因为可能会有一定刺激性。