治疗毛囊炎常用的药物有抗生素类药物等，一般局部外用抗生素类药物较为常见，比如莫匹罗星软膏，它对革兰阳性球菌有很强的抗菌活性，能有效抑制引起毛囊炎的细菌生长，通常连续使用几天就能看到一定效果。
外用抗生素类药物
莫匹罗星软膏： 适用于革兰阳性球菌引起的毛囊炎，直接涂抹在患处，能抑制细菌蛋白质合成，从而发挥抗菌作用。一般皮肤无破损时可使用，每天涂抹2 - 3次。夫西地酸乳膏： 对引起毛囊炎的金黄色葡萄球菌有较好的抗菌效果，通过抑制细菌的蛋白质合成来杀菌，涂抹在患处，每天2 - 3次。
抗真菌类药物
酮康唑乳膏： 如果毛囊炎是由真菌感染引起的，比如马拉色菌感染导致的毛囊炎，酮康唑乳膏就可以发挥作用。它能抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，影响真菌代谢，从而起到抗真菌效果，每天涂抹1 - 2次。联苯苄唑乳膏： 同样针对真菌性毛囊炎，通过抑制真菌的细胞色素P450，影响真菌细胞膜的合成，达到抗真菌目的，每天使用1次即可。
中药类外用药
鱼石脂软膏： 有消肿、防腐及温和的刺激作用，可促进局部血液循环，帮助减轻毛囊炎引起的红肿等症状，涂抹在患处，每天1 - 2次。如意金黄散： 用醋或酒调成糊状后涂抹在毛囊炎患处，有清热解毒、消肿止痛的功效，可每天使用2 - 3次。
特殊人群注意事项
儿童患者： 儿童使用外用药时要注意，尽量选择温和、刺激性小的药物，使用前最好先咨询医生，避免药物刺激儿童娇嫩的皮肤。比如儿童使用莫匹罗星软膏时，要按照医生指导的剂量和方法使用。孕妇患者： 孕妇患毛囊炎时，使用药物需格外谨慎。像一些抗真菌药物，孕妇使用前要经过医生评估，因为有些药物可能会对胎儿产生影响，应选择相对安全的外用药物来治疗。