早上起来口苦舌苔发黄可能由多种原因引起。一般来说，口腔局部问题可能是原因之一，比如口腔卫生不良，有牙菌斑、牙结石等，长时间不清洁口腔，经过一晚上的细菌滋生发酵，就可能导致早上起来口苦舌苔发黄，有研究显示约30%的口腔卫生不良者会出现这种晨起不适现象。
口腔局部因素
口腔卫生差： 如果不认真刷牙、漱口，食物残渣残留口腔，细菌繁殖，就易出现口苦舌苔发黄。建议每天至少刷牙2次，每次刷牙时间不少于3分钟，还可配合使用牙线清洁牙缝。口腔疾病： 像牙龈炎、牙周炎等口腔疾病，炎症会导致口腔内细菌增多，也可能引发晨起口苦舌苔发黄。例如牙龈炎患者，牙龈会红肿易出血，同时伴随口苦症状。
胃肠道问题
消化不良： 晚上进食过多、过快，或食用不易消化的食物，会引起消化不良，食物在胃肠道内停留时间过长，发酵产生异味，向上反流就可能导致口苦舌苔发黄。一般每餐七八分饱较合适，避免吃油腻、辛辣刺激且难消化的食物。胆汁反流： 患有胆汁反流性胃炎时，胆汁反流进入胃内，再反流至口腔，就会造成口苦，同时舌苔可能发黄。这类患者要注意睡觉时可适当将床头抬高15 - 20度，减少胆汁反流。
肝胆疾病
胆囊炎： 胆囊炎发作时，胆汁排泄不畅，可能出现口苦，同时舌苔发黄。胆囊炎患者要注意低脂肪饮食，减少油腻食物摄入，急性发作时需及时就医。肝炎： 某些肝炎患者，肝功能受损，也可能出现晨起口苦舌苔发黄的情况。比如病毒性肝炎患者，除了口苦舌苔黄，还可能有乏力、食欲减退等表现。