口腔溃疡的发生通常与多种因素有关。一般来说，约20% - 30%的人群会受到口腔溃疡的困扰。
局部创伤因素
口腔黏膜损伤： 比如刷牙时用力过猛，不小心划伤了口腔黏膜；或者吃了比较坚硬的食物，像坚果、脆骨等，也可能会擦伤口腔黏膜，从而引发口腔溃疡。另外，牙齿的残冠、残根边缘比较尖锐，长期摩擦口腔黏膜，也会导致局部出现溃疡。
免疫系统异常
自身免疫反应： 当人体免疫系统出现紊乱时，就容易引发口腔溃疡。例如，患有白塞病的患者，除了口腔溃疡外，还可能伴有眼部病变、生殖器溃疡等症状。一般来说，免疫系统紊乱可能在精神压力大、过度疲劳等情况下更容易出现。
营养缺乏因素
维生素缺乏： 尤其是缺乏维生素B族，像维生素B₂、维生素B₁₂等。如果日常饮食中摄入的新鲜蔬菜、水果不足，就容易导致维生素缺乏，进而引发口腔溃疡。比如长期吃素的人，如果不注意补充其他富含维生素B族的食物，就更易出现这种情况。还有叶酸缺乏也可能与口腔溃疡的发生有关。
内分泌变化因素
经期前后： 很多女性在月经来潮前，体内的雌激素水平会发生变化，这可能会诱发口腔溃疡。一般在月经前1 - 2周左右，部分女性就可能出现口腔溃疡的症状，月经结束后，症状可能会有所缓解。另外，妊娠期的女性，由于体内激素水平的改变，也容易出现口腔溃疡的情况。