结膜炎的眼药水选择需根据病因来定。一般来说，细菌性结膜炎常用抗生素类眼药水，病毒性结膜炎可用抗病毒类眼药水，过敏性结膜炎则用抗过敏类眼药水等。比如细菌性结膜炎，常用的有左氧氟沙星滴眼液等；病毒性结膜炎常用阿昔洛韦滴眼液等；过敏性结膜炎常用富马酸依美斯汀滴眼液等。
细菌性结膜炎适用眼药水
抗生素类眼药水： 左氧氟沙星滴眼液是常见的用于细菌性结膜炎的眼药水，它能抑制细菌DNA旋转酶，阻止细菌DNA合成，从而发挥抗菌作用。妥布霉素滴眼液： 对多种革兰氏阳性菌及阴性菌有抗菌活性，可有效治疗细菌性结膜炎，适用于敏感细菌感染引起的炎症。
病毒性结膜炎适用眼药水
抗病毒类眼药水： 阿昔洛韦滴眼液属于嘌呤核苷类抗病毒药，能干扰病毒DNA多聚酶，抑制病毒的复制，对单纯疱疹病毒性结膜炎有较好的疗效。更昔洛韦滴眼液： 能抑制疱疹病毒的复制，可用于治疗病毒性结膜炎，通过竞争抑制病毒DNA多聚酶等环节来发挥抗病毒作用。
过敏性结膜炎适用眼药水
抗过敏类眼药水： 富马酸依美斯汀滴眼液可选择性地结合组胺H1受体，从而抑制肥大细胞释放组胺，缓解过敏性结膜炎引起的眼痒、结膜充血等症状。色甘酸钠滴眼液： 能稳定肥大细胞的细胞膜，阻止肥大细胞释放组胺、白三烯、前列腺素等致敏介质，预防过敏性结膜炎的发作，在接触过敏原之前使用效果较好。
其他类型结膜炎及眼药水选择
衣原体性结膜炎： 常用利福平滴眼液，利福平可抑制细菌DNA依赖的RNA多聚酶，阻碍mRNA合成，从而达到抗菌的效果，对衣原体性结膜炎有一定疗效。真菌性结膜炎： 那他霉素滴眼液是治疗真菌性结膜炎的常用药物，它能与真菌细胞膜中的麦角固醇结合，改变细胞膜的渗透性，导致真菌细胞内的基本成分外漏，从而抑制真菌生长。