结膜炎的眼药水选择需根据病因来定。一般细菌性结膜炎可选用抗生素类眼药水，如左氧氟沙星滴眼液，它能有效抑制细菌生长，通常用药后几天内症状会有所改善；而病毒性结膜炎可使用抗病毒类眼药水，像更昔洛韦滴眼液，能对抗病毒感染，一般需要连续使用数天。
细菌性结膜炎适用眼药水
左氧氟沙星滴眼液： 属于喹诺酮类抗生素，通过抑制细菌DNA旋转酶，阻碍细菌DNA复制来发挥杀菌作用，对多种引起结膜炎的细菌有良好抗菌效果。妥布霉素滴眼液： 氨基糖苷类抗生素，主要是与细菌核糖体30S亚单位结合，抑制细菌蛋白质合成，从而达到抗菌目的，儿童患细菌性结膜炎时可在医生指导下使用。
病毒性结膜炎适用眼药水
更昔洛韦滴眼液： 核苷类抗病毒药，能竞争性抑制病毒DNA多聚酶，并掺入病毒DNA中，终止病毒DNA链的延伸，对腺病毒等引起的病毒性结膜炎有治疗作用。阿昔洛韦滴眼液： 同样是核苷类抗病毒药，可干扰病毒DNA多聚酶，抑制病毒复制，对单纯疱疹病毒性结膜炎有较好疗效。
过敏性结膜炎适用眼药水
富马酸依美斯汀滴眼液： 属于组胺H1受体拮抗剂，能选择性地抑制组胺释放，减轻过敏反应引起的眼部症状，用药后10分钟左右可能就有症状缓解。色甘酸钠滴眼液： 稳定肥大细胞，阻止肥大细胞释放组胺、白三烯等致敏介质，从而预防过敏反应发生，在过敏季节前使用可起到一定预防作用。