胃镜检查一般来说是相对安全的，但也可能存在一些危害。一般来说，严重的危害发生概率较低，大约在1%以下，但仍有一些可能的情况。
检查过程中的不适反应
操作时的不适： 在胃镜检查过程中，可能会出现恶心、呕吐的情况。这是因为胃镜通过口腔、食管进入胃部，刺激到咽喉部和食管，大约有30% - 50%的受检者会有不同程度的恶心反应。另外，可能会有腹胀感，因为检查时需要向胃内少量充气，以便更好地观察胃黏膜，大约10% - 20%的人会感觉腹胀明显。
可能的并发症
出血： 虽然发生概率很低，约为0.1% - 0.5%，但在活检等操作时可能会导致胃黏膜或食管黏膜的少量出血。通常这种出血可以自行停止，但如果本身有凝血功能障碍的患者，出血风险会增加。例如有血小板减少症的患者，出血的可能性就比正常人高很多。穿孔： 这是非常严重的并发症，但发生概率极低，约为0.01% - 0.05%。一般是在操作不熟练或者患者本身有胃内病变（如溃疡、肿瘤等）导致胃壁较薄的情况下发生。比如患者有较大的胃溃疡，胃镜操作时就可能导致胃穿孔。
对特殊人群的影响
老年人： 老年人身体机能下降，在胃镜检查时发生并发症的风险相对较高。比如老年人可能存在心肺功能较差的情况，在检查过程中出现心率加快、血氧饱和度下降等情况的概率比年轻人高。有研究显示，60岁以上老年人在胃镜检查中出现心率异常的概率约为15%，而年轻人仅为5%左右。高血压患者： 胃镜检查时可能会引起血压波动。部分高血压患者在检查过程中血压会明显升高，尤其是本身血压控制不佳的患者。如果血压过高，可能会诱发心脑血管意外。一般建议高血压患者在检查前将血压控制在相对稳定的状态，收缩压最好控制在160mmHg以下，舒张压在100mmHg以下再进行胃镜检查。