胃镜检查一般来说风险较低，但也可能存在一些潜在危害。一般正规操作下，严重危害发生概率较低，大约在0.1%~0.5%左右。
出血风险
少量出血： 在胃镜检查过程中，可能会因为活检等操作导致少量胃黏膜出血，这种情况较为常见，一般不需要特殊处理，身体可自行恢复。大量出血： 但极少数情况下可能会出现较大量出血，发生率极低，大约在0.01%以下，一旦发生需要及时进行止血等处理。
穿孔风险
穿孔概率： 胃镜检查导致穿孔的风险非常低，大约在0.001%~0.005%左右。通常是在患者本身有严重的溃疡、肿瘤等病变，或者操作医生经验不足、操作过于粗暴时可能发生。一旦发生穿孔，需要立即进行外科手术等治疗。
感染风险
感染类型： 主要是指可能感染乙肝、丙肝、艾滋病等血源性传染病。不过现在正规医院都会严格遵循消毒灭菌流程，使用一次性胃镜或者对胃镜进行彻底消毒，所以这种感染风险极低，通过规范操作后，感染概率可控制在极低水平，大约低于0.001%。预防措施： 正规医院会对患者进行传染病筛查，并且严格执行胃镜消毒程序来降低感染风险。
术后不适风险
咽喉不适： 检查后可能会出现咽喉部不适，如疼痛、异物感等，一般1~2天可缓解，这是因为胃镜通过咽喉部时对局部黏膜有一定刺激。腹痛腹胀： 少数人可能会出现检查后的腹痛、腹胀，通常是因为检查时向胃内注入一定量气体导致，一般数小时内可自行缓解，通过适当活动、按摩等可促进气体排出，缓解不适。