胃镜检查一般来说风险较低，但也可能存在一些危害。总体而言，严重并发症发生的概率通常低于1%。
可能出现的不适反应
检查时的不适： 在胃镜检查过程中，可能会出现恶心、呕吐的情况。这是因为胃镜通过口腔、咽喉进入食管和胃，刺激到相关部位的神经，大约有30% - 50%的受检者会有不同程度的恶心感。另外，还可能出现咽喉部不适，检查后1 - 2天内可能会有咽喉部疼痛、异物感等，一般会逐渐缓解。术后的短暂反应： 检查后少数人可能会有腹痛，通常比较轻微，短时间内可自行消失。还有可能出现腹胀，这是因为检查时向胃内注入了一定量的气体，一般数小时内可通过排气等方式缓解。
较为罕见的严重危害
出血： 虽然发生概率很低，约为0.02% - 0.05%，但也有可能出现。比如本身有食管胃底静脉曲张的患者，进行胃镜检查时可能会导致曲张静脉破裂出血。不过现在随着胃镜操作技术的提高，这种严重出血的情况已经大大减少。穿孔： 这是非常罕见的严重危害，发生率约为0.01%以下。多发生在有消化道溃疡、肿瘤等病变导致胃肠壁较薄弱的情况下，胃镜操作时可能会导致胃肠穿孔。一旦发生穿孔，需要立即进行手术等处理。感染： 理论上存在感染的风险，比如乙肝、丙肝、艾滋病等通过血液传播的疾病，但由于胃镜检查前会严格进行消毒等操作，并且会对受检者进行传染病筛查，所以这种感染的概率极低，几乎可以忽略不计，一般低于0.001%。
特殊人群需注意的情况
老年人： 老年人本身可能存在心肺功能不佳等情况，在进行胃镜检查时，要更加密切监测生命体征。因为检查过程中可能会因为恶心、呕吐等刺激导致心肺负担加重，所以对于有严重心肺疾病的老年人，需要谨慎评估是否进行胃镜检查。高血压患者： 检查前要告知医生血压情况，检查过程中由于刺激可能会导致血压短暂升高，所以检查前需要将血压控制在相对稳定的状态，一般收缩压最好控制在160mmHg以下，以免血压过高引发心脑血管意外等情况。