早上起来空腹胃疼的原因包括生理原因以及十二指肠溃疡、胃溃疡等疾病原因。
一、生理原因：空腹时间较长或者胃排空过早时，胃酸正常分泌会对胃黏膜形成一定刺激。要是没有及时进食，就可能引发生理性的胃疼，不过这种疼痛通常在饭后可得到缓解。
二、疾病原因：
1.十二指肠溃疡：主要表现为空腹痛且反复发作，具有周期性，多为胃部的钝痛或灼痛。这主要是由于空腹时胃酸和胃蛋白酶的侵袭作用导致的，其与幽门螺杆菌感染、长期服用非甾体抗炎药以及激素等密切相关。
2.胃溃疡：会致使胃壁肌层出现溃疡，造成胃壁表面充血、红肿。在清晨空腹未进食时，胃酸会刺激溃疡部位从而引起腹痛。
早上起来空腹胃疼除了这些常见原因外，还可能存在其他可能性原因，比如胰腺炎、胆囊结石等。故而建议患者及时就医，明确病因后，在专业医生指导下进行规范治疗，以免延误病情。
总之，空腹胃疼可能由多种原因引起，应根据具体情况进行诊断和治疗。