十六岁女生两个月没来月经，其原因包括精神压力较大、营养不良以及怀孕等。
一、精神压力较大：女生若近期在生活或学习上精神压力过大，比如面临较大的考试压力、家庭变故等，或者情绪长时间处于焦虑、抑郁等不良状态，这就很可能对身体的内分泌功能产生影响。内分泌功能一旦紊乱，会导致下丘脑以及垂体不能正常分泌激素，进而引发月经不来的现象。
二、营养不良：部分女生在生活中可能会通过节食来减肥，过度节食会使体重快速下降，同时也容易出现营养不良的情况。长期的营养不良对内分泌系统是有损害的，这就可能导致月经失调，出现月经长时间不来的状况。
三、怀孕：对于有过性生活的女生，如果没有做好避孕措施，那么两个月没来月经就有可能是怀孕导致的。在怀孕后月经会停止，同时还可能伴有恶心、呕吐等妊娠反应。
总之，十六岁女生两个月没来月经可能是多种因素造成的，需要根据具体情况进行分析和判断，以便采取相应的措施。