怀孕三个月肚子发胀可能由多种原因引起。一般来说，孕期激素变化、子宫增大以及胃肠道功能改变等都可能导致这种情况。
激素变化影响
孕激素作用：怀孕后体内孕激素水平升高，它会使胃肠道平滑肌的张力降低，蠕动减慢。大约有20% - 30%的孕妇在早孕期会出现胃肠蠕动减慢的情况，从而引起肚子发胀。比如孕激素会让肠道排空时间延长，食物在肠道内停留时间变久，就容易产生胀气。绒毛膜促性腺激素影响： 怀孕后绒毛膜促性腺激素（hCG）水平升高，它可能会抑制胃酸分泌，影响消化功能，进而导致肚子发胀。一般hCG在怀孕8 - 10周达到高峰，此时肚子发胀的情况可能会相对明显一些。
子宫增大因素
子宫逐渐增大：怀孕三个月时，子宫已经超出盆腔，开始对周围的肠道等器官产生压迫。大约从怀孕12周左右，子宫就会对肠道形成一定的机械性压迫，使得肠道的空间相对变小，影响肠道的正常蠕动，导致气体和食物残渣排出不畅，出现肚子发胀的感觉。而且随着子宫的不断增大，这种压迫感可能会逐渐加重。
胃肠道功能改变
饮食习惯改变：有些孕妇在孕期可能会不自觉地改变饮食习惯，比如摄入过多容易产气的食物，像豆类、洋葱、土豆等。一般来说，如果孕妇一周内摄入这类产气食物超过3次，就比较容易出现肚子发胀的情况。另外，孕期活动量减少也会影响胃肠道蠕动，孕妇在怀孕三个月时，活动量通常比孕前减少，这会进一步加重胃肠道功能的改变，导致肚子发胀。消化酶分泌变化：孕期身体的内分泌环境改变，会影响消化酶的分泌。例如胰蛋白酶等消化酶的分泌可能会相对减少，使得食物的消化速度减慢，食物在胃肠道内发酵产生气体，从而引起肚子发胀。一般这种消化酶分泌的变化在怀孕三个月时就已经开始显现。