肛瘘的治疗方式需根据具体病情而定，一般来说手术治疗是主要手段，其中挂线疗法较为常用，约70% - 80%的肛瘘通过合理的手术能达到较好疗效。
手术治疗方式
挂线疗法：利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线，缓慢切开肛瘘。通常需要10 - 14天左右，对肛门括约肌损伤小，能避免肛门失禁。适用于低位单纯性肛瘘和高位单纯性肛瘘等情况。瘘管切开术：直接将瘘管全部切开，靠肉芽组织生长使伤口愈合。适用于低位肛瘘，术后需每天换药，保持创面清洁，一般2 - 3周左右创面可愈合。
非手术治疗情况
药物坐浴：可以使用1:5000高锰酸钾溶液坐浴，每天1 - 2次，每次15 - 20分钟，能改善局部血液循环，减轻炎症水肿，但不能根治肛瘘，仅能作为辅助治疗缓解症状。抗生素应用：当肛瘘急性发作出现红肿热痛等感染症状时，可短期应用抗生素，如头孢类抗生素等，控制感染，但不能替代手术治疗。一般用药不超过1周，且需在医生指导下使用。
术后护理要点
饮食方面：术后应进食易消化、富含纤维素的食物，如蔬菜、水果等，保持大便通畅，避免便秘，每天保证1 - 2次排便。避免食用辛辣、刺激性食物，如辣椒、花椒等，以防刺激伤口，影响愈合。创面清洁：每次排便后要用温水清洗肛门，或进行坐浴，保持创面清洁，防止感染。坐浴后要轻轻擦干肛门周围，避免用力擦拭。休息与活动：术后要注意休息，避免剧烈运动，但也不宜长时间卧床，可适当进行散步等轻度活动，促进血液循环，利于伤口愈合。一般术后休息1 - 2天即可适当活动。