治疗扁桃体炎常用的药物有抗生素等，一般细菌感染引起的扁桃体炎，使用抗生素治疗较为关键，比如青霉素类药物，若是对青霉素过敏的患者，可选用头孢菌素类或大环内酯类抗生素等。一般来说，及时规范用药，能较好地控制病情，多数患者经过合理治疗可在数天内缓解症状。
抗生素类药物治疗
青霉素类： 青霉素是治疗扁桃体炎常见的抗生素，它通过抑制细菌细胞壁的合成发挥杀菌作用。例如青霉素G，对大多数引起扁桃体炎的链球菌等有较好的抗菌活性。不过使用前需做青霉素皮试，避免过敏反应。头孢菌素类： 这类药物抗菌谱较广，对多种细菌有抑制作用。像头孢拉定，对于敏感菌引起的扁桃体炎有一定疗效。不同代的头孢菌素抗菌特点有差异，需根据病情由医生选择合适的品种。大环内酯类： 阿奇霉素是常用的大环内酯类药物，它能阻碍细菌蛋白质的合成。对于一些对青霉素耐药的菌株引起的扁桃体炎也有作用，而且服用相对方便，一般一天一次给药。
对症治疗药物
解热镇痛药： 当扁桃体炎患者出现发热、咽痛较明显时，可使用解热镇痛药，如对乙酰氨基酚。它能缓解发热和疼痛症状，成人一般每次服用0.3 - 0.6克，每天次数根据病情遵医嘱。儿童使用需根据体重等调整剂量。糖皮质激素： 在某些严重的扁桃体炎，如伴有高热不退等情况时，可能会短期使用糖皮质激素，如地塞米松。但这类药物使用需严格掌握适应证，因为长期或不当使用可能有一些副作用，像降低机体免疫力等。
局部用药辅助
含漱液： 可以使用复方硼砂含漱液，它能清洁口腔、杀菌消炎，减轻扁桃体炎引起的咽部不适。患者每次含漱时，取适量含漱液在口中鼓动，使药液与咽部充分接触，每天可使用数次。含片： 比如度米芬含片，含服后能在局部发挥杀菌、消肿作用，缓解扁桃体炎导致的咽痛等症状。使用含片时要注意按照说明书正确含服，一般间隔一定时间可重复使用。