扁平疣可以外用维A酸类药膏，像0.1%维A酸乳膏就比较常用，它能调节细胞分化，起到改善扁平疣的作用，但使用时要注意，可能会有局部刺激反应，如红斑、脱屑等。
维A酸类药膏
0.1%维A酸乳膏： 通过调节表皮细胞的更新，使角质层细胞疏松而容易脱落，从而达到治疗扁平疣的效果，但使用时需在医生指导下，从低浓度开始试用，避免刺激皮肤。
抗病毒类药膏
重组人干扰素α-2b凝胶： 它可以发挥抗病毒作用，还能调节免疫。通过抑制病毒复制，增强机体免疫功能来对抗扁平疣。一般需要连续使用数周，才能看到一定效果。咪喹莫特乳膏： 属于免疫调节剂，能刺激机体产生干扰素等细胞因子，发挥抗病毒和调节免疫的作用来治疗扁平疣，但少数人使用后可能会出现局部红斑、水肿等不良反应。
其他外用药
5-氟尿嘧啶软膏： 有一定抗病毒作用，不过它对正常皮肤有刺激性，使用时要注意保护周围正常皮肤，而且孕妇禁用。水杨酸制剂： 如水杨酸软膏等，通过促进表皮剥脱来达到治疗扁平疣的目的，但可能会引起局部疼痛、红肿等不适。