睾丸附睾炎的治疗需根据病情来定，一般急性附睾炎可采用抗生素治疗，通常用药疗程可能在1~2周左右。
药物治疗选择
抗生素应用： 对于细菌感染引起的睾丸附睾炎，常用抗生素有头孢类抗生素，如头孢克肟等，这类抗生素能抑制细菌细胞壁合成，从而起到杀菌作用。如果是支原体、衣原体感染导致的，可能会用到大环内酯类抗生素，像阿奇霉素，它能阻止细菌蛋白质合成来发挥抗菌效果。
一般治疗方式
休息与抬高阴囊： 患病期间要注意多休息，尽量避免长时间站立或行走。同时可以将阴囊抬高，用毛巾或软垫把阴囊垫起来，这样有助于促进血液回流，减轻肿胀疼痛，一般建议卧床休息时把阴囊垫高1~2天左右。局部热敷： 早期可以进行局部热敷，温度控制在40℃左右，每次热敷15~20分钟，每天可热敷3~4次，能促进局部血液循环，缓解疼痛不适，但如果病情处于急性期且红肿明显时，早期不宜热敷，以免加重充血。
手术治疗情况
手术适用情况： 如果睾丸附睾炎病情严重，出现脓肿等情况，可能需要手术治疗。比如形成较大的脓肿，直径超过2~3厘米时，就可能需要进行切开引流手术，通过手术把脓肿内的脓液排出，一般术后需要一段时间恢复，大约1~2周伤口能逐渐愈合。但手术是在药物等治疗效果不佳时才会考虑。