甲硝唑和奥硝唑同为抗厌氧菌药物，它们在主要作用部位、药效时长、不良反应等方面存在区别。
一、甲硝唑：
1.属于第一代抗厌氧菌药物。
2.主要用于治疗或预防多种细菌导致的系统或局部感染，如拟杆菌属、梭形杆菌属、部分真杆菌、消化球菌和消化链球菌等引起的腹腔、女性生殖器、消化系统等的厌氧菌感染，还可与破伤风抗毒素联用治疗破伤风。
3.常引起胃肠道不良反应。
二、奥硝唑：
1.属于第三代抗厌氧菌药物。
2.主要用于治疗脆弱拟杆菌、狄氏拟杆菌、卵园拟杆菌、多形拟杆菌等敏感厌氧菌所引起的多种感染性疾病，比如败血症、脑膜炎、腹膜炎、手术后伤口感染等。
3.也会引起胃肠道反应，但相较于甲硝唑症状稍轻。
总之，甲硝唑和奥硝唑虽属于同类抗厌氧菌药，但存在明显差异，用药时应在医生指导下进行，避免盲目用药。