奥硝唑和甲硝唑都是硝基咪唑类抗生素药物，都可用于治疗各种厌氧菌感染，也可用于治疗男女泌尿生殖道毛滴虫感染，还可用于预防和治疗手术后厌氧菌感染。但两者在化学结构、抗厌氧菌谱、药效持续时间、药物不良反应等方面存在一定的区别。具体如下：
1.化学结构：奥硝唑是第三代硝基咪唑类衍生物，其化学结构中含有一个手性碳原子，具有光学活性；甲硝唑是第一代硝基咪唑类药物，其化学结构中不含有手性碳原子。
2.抗厌氧菌谱：奥硝唑的抗厌氧菌谱比甲硝唑更广，对脆弱拟杆菌等厌氧菌的抗菌作用更强。
3.药效持续时间：奥硝唑的药效持续时间比甲硝唑更长，一般为12小时左右；甲硝唑的药效持续时间为8小时左右。
4.药物不良反应：奥硝唑的不良反应比甲硝唑更少，且更轻微。主要不良反应为胃肠道反应、头痛、眩晕等；甲硝唑的主要不良反应为胃肠道反应、白细胞减少、过敏反应等。
总之，奥硝唑和甲硝唑虽然都是硝基咪唑类抗生素药物，但在临床应用中应根据患者的具体情况选择合适的药物。同时，应注意药物的不良反应，严格按照说明书或医生的建议使用。