灰指甲的根除治疗通常需要综合多种方法，一般可以通过外用药物、口服药物以及手术等方式来尝试根除，但具体效果因个体差异而异。比如外用抗真菌药物治疗，通常需要持续使用数月。
外用药物治疗
局部外用抗真菌制剂：常用的有阿莫罗芬搽剂，它可以通过渗透进入甲板发挥抗真菌作用。一般一周使用1 - 2次，需要连续使用数月，通常需要坚持使用3 - 6个月甚至更久才能看到较好的效果。不过，对于比较严重的灰指甲，单纯外用药物效果可能相对有限。复方乳酸搽剂配合抗真菌药：先使用复方乳酸搽剂软化病甲，然后再配合外用抗真菌药物，能帮助药物更好地渗透到病甲中，但也需要较长时间的坚持使用。
口服抗真菌药物治疗
伊曲康唑冲击疗法：采用冲击治疗的方式，一般是每次200mg，每天2次，连用1周，停药3周为一个疗程，通常需要服用2 - 3个疗程。这种药物通过抑制真菌细胞的合成来发挥作用，但需要注意的是，口服抗真菌药物可能会有一定的肝毒性，所以在用药前需要检查肝功能，用药过程中也要定期监测肝功能。特比萘芬：一般每天口服250mg，疗程相对伊曲康唑较短，对于指甲癣通常需要服用6 - 12周，趾甲癣需要服用12 - 16周。它也是通过干扰真菌固醇的合成来起到抗真菌作用，同样也存在一定的肝毒性风险，用药前后需监测肝功能。
手术治疗
拔甲术：对于单发的灰指甲，可以考虑拔甲。不过，拔甲术创伤相对较大，术后需要精心护理，防止感染等并发症。而且拔甲后还需要配合抗真菌药物治疗，否则新长出来的指甲仍可能再次感染真菌。一般拔甲后新甲生长需要几个月的时间，在这个过程中要注意保持局部清洁干燥，避免再次感染真菌。