儿童软疣通常可以采用局部治疗的方式，比如用镊子将软疣小体挤出，然后涂抹碘酊等进行处理，一般经过规范处理后可逐渐恢复。
局部治疗方法
镊子挤压法： 医生会用消毒后的镊子将软疣的小疣体逐个挤出，挤出后局部要进行消毒处理，防止感染。不过这种方法对于年龄较小、不配合的儿童可能操作起来有一定难度。刮除术： 用刮匙将软疣刮除，然后再涂抹一些抗病毒的药物，如酞丁胺搽剂等，促进局部恢复。
药物辅助治疗
抗病毒药物： 对于一些皮疹较多或者反复发作者，可以辅助使用一些具有抗病毒作用的药物，像干扰素等，但使用时需要在医生的严格指导下进行。不过药物治疗一般不是主要的治疗手段，主要还是以局部操作治疗为主。中药外洗： 有些中药外洗方也可能对儿童软疣有一定的辅助治疗作用，比如可以用板蓝根、大青叶、马齿苋等中药煎水外洗患处，但具体的中药配方需要由专业医生根据儿童的具体情况调配，并且要注意中药外洗时的温度等，避免烫伤儿童皮肤。
日常护理要点
保持皮肤清洁： 要让儿童保持皮肤的清洁卫生，每天可以用温水给儿童清洗皮肤，尤其是长软疣的部位，防止继发细菌感染。清洗时动作要轻柔，避免过度摩擦皮肤。避免搔抓： 要告诫儿童不要搔抓软疣部位，因为搔抓可能会导致病毒自身接种，使皮疹越来越多。家长要留意儿童的行为，防止其不自觉地搔抓。衣物用品消毒： 儿童的衣物、毛巾等用品要定期进行消毒，可通过开水烫洗等方式，减少病毒残留，防止再次感染软疣病毒。