黑指甲的治疗需根据不同病因来定。如果是外伤导致甲下出血引起的黑指甲，若出血面积小，一般不需要特殊用药，通常2 - 3个月可随指甲生长自行消退。
外伤导致的黑指甲处理
轻微外伤初期： 在受伤后的24小时内，可以用冰袋对指甲部位进行冷敷，每次冷敷15 - 20分钟，每天3 - 4次，这样能减轻肿胀和疼痛。受伤一段时间后： 当出血情况稳定，肿胀逐渐消退，可改为热敷，促进血液循环，帮助淤血吸收。一般小的淤血区域无需特殊药物，等待指甲生长将淤血推出即可。
真菌感染引发的黑指甲治疗
外用抗真菌药物： 可以使用酮康唑乳膏等外用抗真菌药膏，涂抹在指甲周围及指甲上，抑制真菌生长。一般需要连续使用2 - 4周左右，但要注意涂抹时要均匀覆盖病变部位。严重情况： 如果外用药物效果不佳，且真菌感染比较严重，可能需要口服抗真菌药物，如伊曲康唑等，但口服抗真菌药有一定的肝肾影响，需要在医生严格评估下使用，并且用药期间要定期监测肝肾功能。
某些全身性疾病导致的黑指甲应对
维生素缺乏相关： 如果是由于缺乏维生素引起的黑指甲，需要补充相应维生素。比如缺乏维生素B12，可在医生指导下补充维生素B12制剂。一般补充维生素B12后，经过1 - 3个月的补充，指甲情况可能会有所改善，但具体情况因人而异。其他全身性疾病： 若是由其他全身性疾病，如心脏病、内分泌疾病等导致的黑指甲，需要积极治疗原发疾病。例如心脏病患者需要根据病情进行相应的治疗，如使用改善心脏功能的药物等，原发疾病得到控制后，指甲的黑染情况可能会有所缓解，但治疗周期会根据原发疾病的严重程度而定。