胃肠道功能紊乱的具体症状较多，常见的有消化系统相关症状以及可能伴随的全身症状等。一般来说，其消化系统方面的症状较为突出。
消化系统相关症状
腹痛：
腹痛是胃肠道功能紊乱比较常见的症状之一。疼痛部位不固定，多在脐周附近。疼痛程度轻重不一，有的患者可能只是隐隐作痛，有的则可能感觉较为明显的胀痛或钝痛。比如有些患者会描述为肚子里有一阵一阵的不适感，但具体位置不太能准确指出。
腹胀：
患者常自觉腹部胀满，尤其是在进食后更为明显。可能会感觉肚子像鼓起来一样，外观上有时能看到腹部膨隆。部分患者还可能伴有嗳气的情况，就是会不断地打嗝，把胃里的气体排出来，但腹胀感可能不会完全消失。
恶心呕吐：
有的患者会出现恶心的感觉，严重时可能会引发呕吐。呕吐物多为胃内的容物，一般没有血性物质或者其他异常颜色的物质，但如果频繁呕吐可能会导致脱水等情况。比如一些患者在情绪紧张或者进食不当时，就容易出现恶心，进而呕吐的现象。
食欲变化：
部分患者会出现食欲减退的情况，对食物的兴趣降低，不想吃东西。而也有少数患者可能会出现食欲亢进的情况，总是感觉很饿，不停地想吃东西，但进食后又可能会加重腹胀等不适症状。
可能伴随的全身症状
精神神经症状：
患者可能会伴有精神方面的症状，比如焦虑、抑郁、失眠等。有些患者会因为胃肠道的不适而情绪变得烦躁不安，难以入睡或者睡眠质量很差。例如，长期受胃肠道功能紊乱困扰的患者，可能会出现晚上辗转反侧难以入眠，白天精神状态也不好的情况，进而影响日常生活和工作。
其他全身表现：
有的患者还可能出现乏力的症状，感觉身体没有力气，做一点事情就容易疲劳。此外，少数患者可能会有低热的情况，但一般体温不会超过38℃，不过这种情况相对较少见。