怀孕后孕酮低可能由多种原因引起。一般来说，黄体功能不全是常见原因之一，女性卵巢中的黄体分泌孕酮，若黄体功能不好，就会导致孕酮分泌不足。另外，胚胎发育异常也可能致使孕酮低，比如胚胎染色体异常等情况，大约有50% - 60%的自然流产是因为胚胎染色体异常，同时常伴随孕酮低的现象。还有，内分泌系统疾病也可能影响孕酮水平，像甲状腺功能减退等疾病，会干扰激素的正常调节，进而导致孕酮低。
黄体功能方面的原因
卵巢黄体发育不全： 女性卵巢中的黄体是分泌孕酮的重要结构，如果黄体本身发育不全，其分泌孕酮的能力就会下降，从而造成怀孕后孕酮低。正常情况下，黄体的功能维持对于妊娠早期孕酮的供应很关键，一旦黄体发育不好，就无法提供足够的孕酮来支持胚胎发育。黄体期异常： 正常的黄体期一般持续约14天左右，如果黄体期出现异常，比如黄体期缩短等情况，也会影响孕酮的分泌量，使得怀孕后孕酮水平偏低。
胚胎发育相关原因
胚胎染色体异常： 当胚胎的染色体出现数目或者结构异常时，会影响胚胎的正常发育，同时也会影响孕酮的分泌。这种染色体异常是自然淘汰的一种表现，很多染色体异常的胚胎会发生流产等情况，而在这个过程中往往伴随孕酮低的情况出现。胚胎着床异常： 如果胚胎着床不稳定，也可能影响孕酮的分泌。比如胚胎着床位置不佳等，会使得身体的激素调节出现紊乱，进而导致孕酮水平降低。
内分泌系统疾病影响
甲状腺功能减退： 甲状腺分泌的激素对全身的内分泌调节有着重要作用。当发生甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会影响到下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的功能，从而干扰孕酮的正常分泌，导致怀孕后孕酮低。患者可能还会伴有畏寒、乏力等甲状腺功能减退的相关症状。其他内分泌疾病： 像肾上腺皮质功能减退等内分泌疾病，也可能间接影响孕酮的分泌，导致怀孕后孕酮水平异常降低。这些疾病会影响到激素的整体平衡，进而波及孕酮的产生和调节。