一、黄体功能不全
女性卵巢中的黄体负责分泌孕酮，若黄体功能不全，其分泌孕酮的能力就会下降，从而导致怀孕后孕酮水平偏低。黄体功能不全可能与自身免疫因素、内分泌调节异常等多种因素相关，例如自身免疫系统错误攻击黄体细胞，影响其正常功能。
二、胚胎因素
胚胎染色体异常等情况可能影响滋养细胞的功能，而滋养细胞对于孕酮的合成有重要作用，当滋养细胞功能受影响时，就可能导致孕酮分泌不足。例如，染色体数目或结构异常的胚胎，其发育过程中相关细胞功能异常，进而影响孕酮的产生。
三、内分泌系统异常
内分泌系统中多种激素的平衡对孕酮合成至关重要。若存在甲状腺功能减退等内分泌疾病，会干扰激素调节网络，影响与孕酮合成相关的激素分泌，导致孕酮水平降低。比如甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会通过复杂的内分泌反馈机制影响孕酮的合成过程。
四、其他因素
生活方式：长期熬夜、精神压力过大等不良生活方式可影响内分泌系统的正常功能，进而干扰孕酮的分泌。例如，长期熬夜会打乱人体的生物钟，影响激素分泌的节律，可能导致孕酮水平异常。
母体疾病状态：母体患有一些全身性疾病，如糖尿病等，也可能影响孕酮的代谢或合成，从而出现孕酮低的情况。糖尿病患者体内的代谢紊乱可能波及与孕酮相关的生理过程，导致孕酮水平偏低。