肾结石软镜取石是处理输尿管及肾结石较为成熟的方法，但技术含量较高且存在一定风险，主要体现在以下三方面：
一、输尿管穿孔：
1.输尿管本身较细且管壁薄，操作不当或结石嵌顿时易导致输尿管穿孔。
2.该并发症危险性不大，通过置管引流处理通常能较好愈合。
二、输尿管撕脱：
1.输尿管较细导致操作困难，进行输尿管软镜操作时需先置入输尿管镜鞘，软镜才能在其通道内操作，且操作需反复进行。
2.当组织长时间受刺激且麻醉不充分时会出现抱镜及输尿管痉挛，退镜时易造成输尿管撕脱。
3.输尿管撕脱后涉及手术吻合或做异位肾脏自体移植。
三、水中毒：
1.输尿管软镜操作时需持续冲水以保证视野清晰。
2.在冲水过程中，若某些组织炎症较重、范围较大，水分会重新吸收从而引发水中毒，产生全身性代谢性反应，甚至可能危及生命。
虽然输尿管软镜操作存在以上风险，但发生率较低，主要取决于病人的一般状况、医生的操作水平以及麻醉状况。若病人、医生和麻醉医生能做好充分术前准备并进行良好沟通，这些风险可降低到最低限度。