尿路感染反复发作的原因有多种。一般来说，约50%的女性在一生中至少会发生一次尿路感染，而部分人会反复发作。
机体自身因素
尿路结构或功能异常： 比如存在尿路结石、先天性尿路畸形等情况，会阻碍尿液正常流畅排出，使得细菌容易在局部滋生繁殖。像尿路结石患者，结石会造成尿液引流不畅，为细菌生长提供了有利环境。免疫力低下： 例如糖尿病患者，由于自身血糖控制不佳，机体免疫力相对较低，白细胞的杀菌能力受到影响，更容易遭受细菌感染且不易清除，从而导致尿路感染反复发生。
病原体相关因素
病原体未彻底清除： 有些患者在初次尿路感染治疗时，没有按疗程规范用药，导致病原体没有被完全杀灭，残留的病原体就可能再次引发感染。比如使用抗生素治疗时，用药时间不足，体内还存在少量致病菌。耐药病原体存在： 长期不合理使用抗生素，会使病原体产生耐药性，原本有效的抗生素对耐药的病原体就不再起作用，进而造成尿路感染反复。例如长期滥用广谱抗生素后，可能会出现对多种抗生素耐药的病原体。
生活习惯因素
饮水过少： 每天饮水量少于1500毫升，会导致尿液生成减少，尿液对尿路的冲洗作用减弱，细菌就容易在尿路定植。一般建议每天饮水应保持在1500 - 2000毫升以上，以保证充足的尿量来冲刷尿道。卫生习惯不佳： 女性外阴部容易滋生细菌，如果不注意会阴部位的清洁，特别是性生活后不及时清洗，就容易将细菌带入尿道引发感染。比如性生活后不清洗外阴，细菌很可能顺着尿道侵入引发尿路感染。