吃益生菌拉肚子的原因包括患者体内有害菌群较多以及其他一些原因，需根据具体情况选择合适解决办法。
一、体内有害菌群较多：当患者喝下益生菌后，益生菌进入体内会与有害菌群展开竞争，此时患者会出现拉肚子的状况，还有可能伴随恶心、腹痛等不适症状。这种情况通常无需特殊处理，待菌群稳定后拉肚子现象会自然消失。在此期间，患者应避免暴饮暴食，做到少吃多餐，同时多运动、多休息。
二、其他原因：患者刚开始服用益生菌时体内益生菌群较少，益生菌进入体内后突然增多，可能会让身体一时难以适应，从而导致拉肚子。对于这种因机体不适应而造成的拉肚子，患者无需过度担心，当机体逐渐适应益生菌群后，拉肚子症状会减轻直至消失。
患者在拉肚子期间，应尽量避免食用辛辣、刺激的食物，如火锅、炸串等，而要保持清淡、营养的饮食，多进食高蛋白食物，如牛奶、鸡蛋等，以增强身体抵抗力，也可多食用新鲜的瓜果蔬菜，补充身体所需的维生素。
总之，吃益生菌拉肚子的情况较为复杂，要根据具体原因采取相应措施，同时在拉肚子期间要注意饮食调整。