两边肾隐隐作痛可能由多种原因引起，包括肾脏发生器质性病变，如泌尿系感染、肾结石、肾脏肿瘤等，也可能是腰部肌肉损伤所致。具体如下：
一、泌尿系感染：
1.特别是急性肾盂肾炎、肾小球肾炎等，主要表现为双肾隐隐作痛，同时常伴有尿频、尿急、尿痛等尿道刺激征，还可能出现体温升高等全身症状。实验室检查会发现尿中有大量白细胞，血培养可显示细菌感染，此时应尽早进行针对性抗炎治疗。
二、肾结石：
1.部分泌尿系结石患者会有肾脏隐隐作痛的表现，而当结石发生嵌顿时，肾脏部位会出现极为剧烈的绞痛，还会伴有血尿、排尿困难、恶心、呕吐等症状。
三、肾脏肿瘤：
1.当肾脏出现占位性病变时，由于肾脏包膜紧张，会导致肾脏部位隐隐作痛，同时还可能伴有低热、血尿、贫血等症状。
四、腰肌劳损或腰间盘突出症：
1.因长期久坐或过度劳累致使腰部肌肉受损、腰椎发生病变，也会表现为双肾部疼痛，这时要注意与肾脏疾病相鉴别。
当出现双肾部位隐隐作痛的症状时，建议尽快前往正规医院肾内科就诊，完善肾功能、尿常规、双肾彩超等检查，以明确诊断，并依据不同病因进行针对性治疗，以免延误病情。