毛囊炎的治疗药物需根据病情轻重等情况选择，一般轻度毛囊炎可外用药物，严重时可能需要配合口服药物。比如轻度毛囊炎外用药物常见的有莫匹罗星软膏等，一般轻度的毛囊炎通过规范用药可能在数天到一周左右有所改善。
外用抗生素类药物
莫匹罗星软膏：适用于革兰阳性球菌引起的皮肤感染，能抑制细菌蛋白质合成，从而发挥抗菌作用。它可直接涂抹在毛囊炎患处，对于因金黄色葡萄球菌等引起的毛囊炎有较好的抗菌效果。使用时要注意保持皮肤清洁干燥，用药部位若有烧灼感、红肿等情况应停药。夫西地酸乳膏：对引起毛囊炎的常见细菌，如葡萄球菌有良好的抗菌活性。涂抹在患处，能阻碍细菌的合成过程，起到杀菌消炎的作用。使用时要避免接触眼睛、口、鼻等黏膜部位。
抗真菌外用药物
酮康唑乳膏：如果毛囊炎是由真菌感染引起的，比如马拉色菌感染导致的毛囊炎，酮康唑乳膏就比较适用。它能抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，影响真菌代谢，从而发挥抗真菌作用。使用时要按照疗程使用，一般需要连续使用数周，使用过程中要观察皮肤反应，若出现过敏等不适要及时停药。特比萘芬乳膏：同样针对真菌性毛囊炎，能特异性地干扰真菌固醇的早期生物合成，选择性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，使真菌细胞膜形成过程中角鲨烯堆积，导致真菌细胞死亡，起到抗真菌功效。使用时要注意涂药范围应超过炎症区域，以确保彻底杀菌。
口服药物情况
抗生素类口服药：当毛囊炎比较严重，外用药物效果不佳时，可能需要口服抗生素。比如头孢类抗生素，适用于由细菌感染引起的较严重毛囊炎。但使用头孢类药物前要确认患者没有头孢类药物过敏史，而且不能在饮酒前后使用头孢类药物，因为可能会引起双硫仑样反应，对身体造成危害。抗真菌口服药：若是真菌性毛囊炎且病情较顽固，可能需要口服抗真菌药物，像伊曲康唑。不过口服抗真菌药物有一定的肝毒性风险，使用前需要检查肝功能，并且要在医生的严格指导下使用，因为其使用疗程和剂量都有严格要求，要根据患者具体情况来确定。