肾小球微小病变是儿童肾病综合征中最常见的病理类型，约80%的儿童肾病综合征由微小病变引起。其病因目前尚未完全明确，可能与以下因素有关。
自身免疫因素
免疫系统异常激活： 人体的免疫系统在某些情况下会出现异常激活。例如，T淋巴细胞的功能紊乱可能是诱发肾小球微小病变的重要因素之一。T淋巴细胞在免疫调节中起着关键作用，当它的调节功能出现问题时，会导致机体产生针对肾小球足细胞等结构的自身抗体或引起免疫炎症反应，进而损伤肾小球，引发微小病变。儿童免疫系统特点： 儿童的免疫系统尚在发育过程中，相对不稳定，这使得儿童比成人更容易出现免疫系统异常激活的情况，从而增加了儿童患肾小球微小病变的风险。
感染因素
病毒感染： 某些病毒感染可能与肾小球微小病变相关。比如，常见的上呼吸道感染病毒，像腺病毒、流感病毒等。当人体感染这些病毒后，病毒可能会作为一种外来抗原，引发机体的免疫反应。这种免疫反应可能会波及肾小球，导致肾小球的滤过屏障受损，进而引发微小病变。细菌感染： 一些细菌感染也可能与该病有关，例如链球菌感染后，虽然多数是引起急性肾小球肾炎，但少数情况下也可能引发类似微小病变的病理改变。细菌感染引发免疫反应的机制与病毒类似，细菌作为抗原刺激机体产生免疫应答，免疫复合物等沉积在肾小球部位，影响肾小球的正常功能。
遗传因素
家族聚集倾向： 部分肾小球微小病变患者存在家族聚集现象，这提示遗传因素可能在其中起到一定作用。研究发现，某些特定的基因位点的变异可能与肾小球微小病变的易感性相关。例如，一些与免疫调节相关的基因，如果发生突变或多态性改变，可能会使个体更容易患上肾小球微小病变。特定基因关联： 目前已经发现了一些与肾小球微小病变可能相关的基因，如PLA2R基因等。虽然具体的遗传机制还在进一步研究中，但遗传因素在该病的发生发展中确实占有一定的地位，不过并非所有患者都是由遗传因素单独导致发病，往往是遗传因素与环境因素等相互作用的结果。