多囊卵巢综合征的病因目前尚未完全明确，但研究认为主要与以下因素有关。一般认为可能涉及遗传因素、内分泌失调以及生活方式等多方面。
遗传因素方面
家族遗传倾向：多囊卵巢综合征具有一定的遗传易感性。如果家族中有亲属患有多囊卵巢综合征，那么女性成员患病的风险会相对增高。据统计，约60% - 70%的患者存在遗传异常，遗传因素在其发病中起到重要作用，比如某些基因的突变可能影响激素的合成、代谢等过程，从而增加患病几率。
内分泌失调方面
下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴调节异常：下丘脑分泌的促性腺激素释放激素（GnRH）脉冲频率异常，会影响垂体分泌促卵泡生成素（FSH）和促黄体生成素（LH），导致LH水平升高，FSH水平相对不足，使得卵巢内卵泡发育异常，不能正常排卵，进而引发一系列症状。例如，正常情况下FSH与LH的比例相对平衡，而在多囊卵巢综合征患者中，这种比例失衡，LH过高会刺激卵巢间质、卵泡膜细胞产生过量雄激素，雄激素过多又会进一步抑制卵泡成熟，形成恶性循环。胰岛素抵抗：约50% - 70%的多囊卵巢综合征患者存在胰岛素抵抗。即机体对胰岛素的敏感性降低，胰腺需要分泌更多胰岛素来维持正常的血糖水平，但过高的胰岛素会刺激卵巢分泌雄激素，加重雄激素过多的状态，同时还会影响卵泡的发育和排卵，导致多囊卵巢综合征相关症状的出现。
生活方式方面
饮食不规律：长期高热量、高脂肪、高糖的饮食，会使身体脂肪堆积，体重增加。而肥胖又是多囊卵巢综合征的一个重要危险因素，肥胖会进一步影响内分泌，加重胰岛素抵抗等情况，从而增加患病风险。比如长期大量摄入油炸食品、甜品等，会导致体内代谢紊乱，影响激素水平。缺乏运动：运动量过少会导致身体新陈代谢减慢，脂肪更容易堆积，同样容易引发肥胖以及内分泌失调等问题，进而增加多囊卵巢综合征的发病可能性。长期缺乏运动的人，身体的各项机能调节可能出现异常，影响下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的正常功能。