多囊卵巢综合征的发病原因目前尚未完全明确，一般认为是多种因素共同作用导致的。据研究，遗传因素是其中一个重要方面，如果母亲患有多囊卵巢综合征，其女儿患病的风险比正常人群高2~6倍。
遗传因素影响
家族遗传倾向： 多囊卵巢综合征具有一定的家族聚集性，若家族中有亲属患有该病，个体患病几率会增加。比如家族中母亲、姐妹等女性亲属有患病情况，那么自身患病风险相对较高。基因遗传机制： 相关基因的突变或异常表达可能与多囊卵巢综合征的发生有关，目前已发现多个与该病发病相关的基因位点，这些基因在调节激素分泌、卵巢功能等方面发挥作用，当基因出现问题时，就可能引发疾病。
内分泌失调因素
下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴调节紊乱： 下丘脑分泌的促性腺激素释放激素和垂体分泌的促性腺激素失衡，会影响卵巢的正常功能。例如垂体分泌的促黄体生成素（LH）水平升高，促卵泡生成素（FSH）水平相对降低，导致LH/FSH比值异常，一般该比值大于2~3时就可能存在问题，进而影响卵巢排卵，出现排卵障碍等情况。胰岛素抵抗与高胰岛素血症： 约50%~70%的多囊卵巢综合征患者存在胰岛素抵抗，即身体对胰岛素的敏感性降低。为了维持正常血糖水平，胰腺会分泌更多胰岛素，造成高胰岛素血症。高胰岛素血症会刺激卵巢分泌过多雄激素，导致一系列多囊卵巢综合征的表现，如多毛、痤疮等。
生活方式因素
饮食不均衡： 长期高热量、高脂肪、高糖的饮食习惯，会使身体处于代谢紊乱状态。比如经常大量摄入油炸食品、甜品等，容易引起肥胖，而肥胖又是多囊卵巢综合征的重要危险因素之一，约有一半以上的患者存在肥胖问题，肥胖会进一步加重内分泌失调等情况。缺乏运动： 长期缺乏体育锻炼，身体代谢减慢，也容易导致体重增加，影响激素平衡。研究发现，坚持规律运动的人群患多囊卵巢综合征的风险相对较低，而久坐不动的生活方式则可能增加患病几率。