多囊卵巢综合征的发生与多种因素有关。目前认为，遗传因素可能起到重要作用，据研究，约60% - 70%的患者存在遗传易感性。另外，内分泌失调也是关键因素，下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴调节功能异常，导致雄激素分泌过多等情况。
遗传因素相关
家族遗传倾向： 如果家族中有亲属患有多囊卵巢综合征，那么自身患病的风险会增加。比如，母亲患有多囊卵巢综合征，女儿患病的概率比正常人群要高很多。基因变异影响： 一些特定基因的变异可能会增加患多囊卵巢综合征的可能性，目前已经发现多个与该疾病相关的基因位点存在变异情况，这些基因变异会干扰激素的正常调节等过程。
内分泌失调方面
下丘脑 - 垂体功能异常： 下丘脑分泌的促性腺激素释放激素调节垂体分泌促性腺激素的功能出现紊乱，使得垂体分泌的促黄体生成素（LH）水平升高，促卵泡生成素（FSH）水平相对降低，LH/FSH比值增大，这种失衡会影响卵巢的正常排卵功能。雄激素过多： 卵巢和肾上腺等部位会产生过多的雄激素，过多的雄激素会导致卵泡发育障碍，不能正常排卵，进而出现一系列多囊卵巢综合征的表现，像多毛、痤疮等。
生活方式因素
饮食不规律： 长期高热量、高脂肪、高糖的饮食，会使身体容易出现胰岛素抵抗，而胰岛素抵抗又与多囊卵巢综合征的发生密切相关。例如，长期大量摄入甜食，会影响身体对胰岛素的敏感性。缺乏运动： 运动量过少的人群，身体新陈代谢减慢，也容易出现胰岛素抵抗等情况，增加患多囊卵巢综合征的风险。比如，长期久坐不运动的人，患病几率相对较高。