慢性肠炎的治疗需综合多方面因素，一般可通过药物治疗、饮食调整、生活方式改善等来进行。药物方面常用的有调节肠道菌群的药物，如双歧杆菌等，能在一定程度上改善肠道内环境，约有70%左右的慢性肠炎患者可通过合理用药得到症状缓解。
药物治疗选择
抗感染药物：如果是细菌感染引起的慢性肠炎，可根据病情选用相应的抗生素。比如大肠杆菌感染，可考虑使用喹诺酮类药物，但要注意儿童及孕妇等特殊人群需谨慎，避免使用影响生长发育等情况。调节肠道功能药物：对于有腹泻症状的患者，可使用蒙脱石散等止泻药物，能快速吸附肠道内的毒素和病菌，起到收敛止泻的作用，一般服用后1 - 2小时可见效。
饮食调整要点
饮食规律：慢性肠炎患者要定时定量进餐，每天尽量保持3 - 5餐的频率，每餐七八分饱即可，避免过饥过饱加重肠道负担。食物选择：多吃一些易消化、富含营养的食物，如小米粥、软面条等。小米粥含有丰富的碳水化合物和维生素，易于消化吸收，每天可食用1 - 2碗。同时要避免食用辛辣、油腻、刺激性食物，像辣椒、油炸食品、咖啡等，这类食物会刺激肠道黏膜，加重肠炎症状。
生活方式改善
适度运动：患者可进行适度的有氧运动，如散步，每天坚持散步30 - 60分钟，速度适中，能促进肠道蠕动，帮助消化吸收，增强身体免疫力，但要注意避免剧烈运动。充足休息：保证充足的睡眠，每天睡眠时间应不少于7 - 8小时，良好的休息有助于身体的自我修复，对慢性肠炎的恢复有积极作用。同时要注意保持心情舒畅，避免长期焦虑、紧张等不良情绪，因为情绪也会影响肠道功能。