肾结石形成与多种因素相关，通常是尿液中某些物质浓度过高，析出结晶逐渐形成结石。一般来说，尿液中钙、草酸、尿酸等成分异常是关键因素。
代谢异常导致
尿液中钙含量过高： 当人体血液中钙浓度升高，经肾脏滤过到尿液中，若钙含量超出尿液溶解限度，就容易析出形成钙盐结晶，进而发展为肾结石。比如原发性甲状旁腺功能亢进患者，会出现血钙升高，增加肾结石风险。草酸排泄增多： 日常饮食中摄入过多含草酸的食物，像菠菜、巧克力等，会使体内草酸含量升高。经尿液排出时，草酸与钙结合形成草酸钙结晶，长期积累可能形成肾结石。正常情况下，人体每天草酸摄入量应合理控制，若过量就易引发问题。
尿路梗阻因素
尿道狭窄： 先天性尿道狭窄或者后天因炎症、外伤等导致尿道狭窄，会使尿液排出受阻。尿液在尿路中停留时间过长，其中的晶体物质就容易沉积，逐步形成结石。例如一些尿道外伤患者，若恢复后出现尿道狭窄，就增加了肾结石发生几率。肾盂输尿管连接部梗阻： 这是一种先天性的尿路结构异常，会阻碍尿液从肾脏顺利流入输尿管，造成尿液淤积。淤积的尿液中溶质浓度逐渐升高，促使结石形成。这种先天性梗阻在儿童中也时有发现，需要引起重视。
感染相关因素
细菌感染影响： 泌尿系统受到细菌感染时，细菌、脓块等会作为核心，让尿液中的晶体物质围绕沉积，形成结石。比如大肠杆菌感染，会改变尿液的酸碱度等环境，有利于结石形成。感染还会使尿液成分发生变化，进一步促进结石生成。尿路感染引发炎症： 长期的尿路感染会导致尿路黏膜损伤，炎症刺激使得局部组织更容易沉积晶体，增加肾结石形成的可能性。像慢性肾盂肾炎患者，由于长期炎症存在，肾结石发病风险相对较高。