近视的一只眼睛特别疼的原因包括视疲劳、眼镜不合适、角膜炎、青光眼等。应及时就医，经专业医生鉴别后针对具体病因进行治疗。具体如下：
一、视疲劳：一只眼睛近视会导致远视力下降，若用眼过度，可引起睫状肌痉挛而出现视疲劳症状，比如眼睛疼痛、视物模糊等。此时需要及时通过配戴近视眼镜进行矫正，或者采取休息、远眺等方式来缓解症状。
二、眼镜不合适：对于近视的一只眼睛，如果所配戴的眼镜度数过高或过低，都有可能引发眼睛疼痛、视疲劳等状况，应前往专业验配机构或眼科医院重新验光配镜。
三、角膜炎：近视的一只眼睛若有配戴隐形眼镜，容易诱发角膜炎，从而出现明显的疼痛并伴有视物模糊等症状。此时需停止配戴隐形眼镜，并在医生指导下进行抗感染治疗，比如遵医嘱使用左氧氟沙星眼药水等。
四、青光眼：近视的一只眼睛若是高度近视，由于眼球向前凸可使前房变浅，或者房角关闭导致眼压升高，进而出现眼睛特别疼的症状。需要给予降眼压药物治疗，如硝酸毛果芸香碱滴眼液，必要时还需进行手术治疗。
总之，当近视的一只眼睛出现特别疼的情况时，要尽快明确原因，以便采取正确的应对措施。