结肠黑变病通常是由于长期服用蒽醌类泻剂引起的，据相关研究，长期服用含蒽醌类泻药超过1年的人群，结肠黑变病的发生率会明显升高。
一、药物因素导致
蒽醌类泻药长期使用： 像番泻叶、大黄、芦荟等含有蒽醌类成分的泻药，如果长期服用，就可能引发结肠黑变病。这类泻药会刺激结肠黏膜，使得色素在结肠黏膜下沉积。比如有些患者为了通便，长期自行服用番泻叶泡水喝，就增加了患结肠黑变病的风险。其他泻药影响相对较小： 除了蒽醌类泻药外，其他非蒽醌类泻药引起结肠黑变病的情况相对少见，但也不能完全排除个别特殊体质的人可能受到影响。
二、肠道动力异常因素
慢传输型便秘相关： 一些患有慢传输型便秘的患者，肠道蠕动功能较差，这可能间接与结肠黑变病有一定关联。因为肠道蠕动慢，粪便在肠道内停留时间长，可能会影响肠道黏膜的正常代谢，进而增加色素沉积的可能性。不过目前对于这种关联的具体机制还在进一步研究中。出口梗阻型便秘关联： 出口梗阻型便秘患者，主要是排便时肛门直肠部位的肌肉协调不好等问题，但目前没有明确证据表明出口梗阻型便秘直接导致结肠黑变病，不过这类患者如果同时有长期服用泻药的情况，就会增加患病风险。
三、肠道炎症等其他因素
肠道慢性炎症影响： 肠道存在慢性炎症时，比如溃疡性结肠炎患者，肠道黏膜处于炎症状态，可能会影响黏膜的正常生理功能，使得色素更容易在局部沉积，从而增加结肠黑变病的发生几率。不过肠道慢性炎症只是一个可能的辅助因素，主要还是与长期服用泻药等因素相关。年龄相关因素： 随着年龄增长，肠道黏膜的代谢功能会有所下降，这也可能在一定程度上增加结肠黑变病的易感性。一般老年人患结肠黑变病的几率相对较高，可能就是因为年龄导致肠道黏膜的自我修复和代谢能力减弱，再加上可能存在的长期服用泻药等情况，就更容易出现色素沉积。