复方玄驹胶囊在临床应用中相对较为安全，但也可能出现一些副作用。一般来说，少数人服用后可能会出现恶心、胃胀、胃脘灼热感等不适。
胃肠道方面的可能反应
胃部不适表现： 部分患者服用复方玄驹胶囊后可能出现胃脘灼热感，有的会感觉胃胀，还有些人会有恶心的症状。这些胃肠道反应通常相对较轻，一般在继续用药或适当调整后可能会有所缓解，但也有个体差异。
其他可能的潜在影响
过敏反应情况： 虽然比较罕见，但也有个别患者可能对复方玄驹胶囊中的某些成分过敏，从而出现皮疹、瘙痒等过敏表现。如果出现过敏症状，应立即停药，并及时就医进行相应处理。对性功能相关的影响： 从药物作用来看，复方玄驹胶囊主要用于肾阳虚等相关病症的治疗，一般来说正常按医嘱服用时，对性功能方面的影响是在其治疗作用范围内，但极少数人可能在用药过程中会感觉有一些不太舒适的细微变化，但通常不严重且与个体对药物的反应有关。不过需要注意的是，并不是所有人都会出现这些副作用，而且其发生的概率相对较低。在服用复方玄驹胶囊期间，建议密切观察自身身体状况，如果出现明显异常或不适，应及时与医生沟通，由医生根据具体情况来判断是否需要调整用药等。同时，用药前应仔细阅读药品说明书，了解相关注意事项。