嘉兴并没有绝对意义上男性科最好的医院，患者需要依据自身具体状况来挑选适宜的医院进行就医。在嘉兴，男科方面比较出色的医院包括嘉兴中医医院、嘉兴学院附属第二医院、浙江中医药大学附属嘉兴市中医院。
一、嘉兴中医医院：这所医院创建于1959年，其核定床位有450张，每年的门诊人次达40万，住院病人有1.5万人次。它是浙江省文明中医院、省重点中医院，也是全市首批基本医疗和合作医疗保险的定点医疗机构，还是浙江省首批的“绿色医院”以及“国际紧急救援中心网络医院”，属于嘉兴市首家三级乙等中医院、嘉兴市惠民医院。
二、嘉兴学院附属第二医院：该院始建于1895年，现今已发展成为嘉兴市中心一家布局合理、功能完备、技术先进、服务优质，融合医疗、教学、科研、康复及预防保健为一体的浙江省三级甲等综合性医院，是中国医疗机构公信力示范单位，国家卫计委脑防委高级卒中中心建设单位，国家卫计委脑卒中筛查与防治基地医院，中国卒中中心联盟成员，中国医师人文医学执业技能培训基地，国家首批全科医生规范化培训示范基地、国家住院医师规范化培训基地，美国心脏协会心血管急救培训中心，国家级康复护理专科护士培训基地。
三、浙江中医药大学附属嘉兴市中医院：嘉兴市中医院创建于1959年，有核定床位450张，年门诊量40万，住院病人1.5万人次。它是浙江省文明中医院、省重点中医院，是全市首批基本医疗和合作医疗保险定点医疗机构，也是浙江省首批“绿色医院”和“国际紧急救援中心网络医院”，为嘉兴市首家三级乙等中医院、嘉兴市惠民医院。
总之，患者可以根据自身实际情况自行选择合适的医院就诊。