生理性黄疸通常是新生儿出生后2~3天出现的一种正常生理现象。这主要是因为新生儿体内胆红素代谢特点导致的，新生儿的肝脏对胆红素的摄取、结合和排泄功能还不够成熟，使得血清胆红素浓度升高，从而出现皮肤、黏膜及巩膜黄染。
胆红素生成相对过多：
红细胞寿命较短： 新生儿的红细胞寿命比成人短，一般为70~90天，而成人红细胞寿命约为120天。较短的红细胞寿命意味着红细胞更新换代快，破坏后产生的胆红素也就相对较多。例如，正常成人每天每公斤体重产生胆红素约0.5mg，而新生儿每天每公斤体重产生胆红素约8.8mg，明显高于成人。血红蛋白含量高： 新生儿体内血红蛋白含量比成人高，约为170~200g/L，而成人约为120~160g/L。较多的血红蛋白在代谢过程中会产生更多的胆红素。
肝脏处理胆红素能力不足：
摄取胆红素能力弱： 新生儿肝细胞内摄取胆红素的Y、Z蛋白含量低，生后1周才达到成人水平。这就导致肝脏摄取胆红素的能力较差，使得胆红素不能及时被摄取进入肝细胞内进行代谢。结合胆红素能力不足： 胆红素进入肝细胞后，需要与葡萄糖醛酸结合才能变成水溶性的结合胆红素，便于排出体外。新生儿肝细胞内尿苷二磷酸葡萄糖醛酸转移酶（UDPGT）活性不足，仅为成人的1%~2%，要到出生后1周左右才逐渐增加。所以结合胆红素的能力较弱，影响了胆红素的代谢。
肠肝循环特点：
肠道菌群尚未完全建立： 新生儿出生时肠道内几乎无菌，生后数小时肠道内开始出现细菌，要完全建立正常的肠道菌群需要一定时间。由于肠道菌群尚未完全建立，肠道内的β - 葡萄糖醛酸苷酶活性较高，这种酶能将结合胆红素水解成未结合胆红素，又重新被肠道吸收进入血液循环，形成肠肝循环，使得血中的胆红素增加，加重了生理性黄疸的程度。