眼睛斜视的原因有多种。一般来说，先天性因素是常见原因之一，比如在胎儿发育过程中，眼部肌肉或神经等结构发育异常，大约有15%的斜视患儿存在先天性的眼部肌肉或神经发育问题。
先天性因素：
遗传因素： 如果家族中有斜视病史，后代发生斜视的概率会比普通人群高。研究发现，约1/3的斜视患儿有家族遗传倾向，遗传方式可能是多基因遗传。眼部结构发育异常： 胎儿在母体子宫内发育时，眼部的肌肉、神经、眼球等结构发育出现偏差，就可能导致斜视。例如，眼球的肌肉附着点异常，会使眼球运动不协调，从而引发斜视。
后天性因素：
视觉系统发育不完善： 婴幼儿时期，视觉系统还在不断发育中。如果孩子存在高度远视、近视、散光等屈光不正问题，就容易引发斜视。比如，有400度以上远视的儿童，约30%会出现内斜视。因为远视眼需要过度调节，长时间这样会导致眼位偏斜。眼部疾病： 一些眼部疾病也会导致斜视。像脑部肿瘤压迫视神经或眼部肌肉时，会影响眼球的正常运动，从而引起斜视；眼部受到外伤，损伤了眼部的肌肉、神经等结构，也可能导致斜视发生。例如，眼部外伤后，若眼外肌受损，就可能出现眼球运动障碍，进而引发斜视。神经支配因素： 脑部的神经病变也会影响眼球的运动平衡。比如，动眼神经、外展神经等出现麻痹时，会使眼球的运动失去协调，导致斜视。例如，糖尿病患者如果并发神经病变，可能会出现眼外肌麻痹，从而引发斜视，这类患者中约有5% - 10%会出现眼部肌肉麻痹相关的斜视问题。