黑咖啡减肥可能存在一些坏处。一般来说，过量饮用黑咖啡可能带来多种问题。
对胃肠道的刺激
加重胃肠负担： 部分人空腹喝黑咖啡时，其中的咖啡因会刺激胃黏膜，可能导致胃酸分泌过多，长期如此可能引起胃部不适，如胃痛、胃胀等。研究发现，连续一周每天大量饮用黑咖啡（超过5杯），约有30%的人会出现不同程度的胃部不适症状。引发肠道问题： 过度刺激还可能影响肠道蠕动，导致肠道功能紊乱，出现腹泻或便秘等情况。比如一些本身胃肠功能较弱的人，喝了黑咖啡后容易出现腹泻现象。
对心血管系统的影响
升高血压风险： 黑咖啡中的咖啡因会使心跳加快，血压升高。有研究表明，健康人一次性摄入100 - 200毫克咖啡因（约1 - 2杯较浓的黑咖啡），可能在1小时内使收缩压升高5 - 10毫米汞柱，舒张压升高2 - 5毫米汞柱。对于本身就有高血压问题的人，可能会进一步加重病情，影响血压的稳定控制。增加心脏负担： 对于心脏功能不太好的人，频繁大量饮用黑咖啡会增加心脏的负担，可能导致心悸等不适症状。长期大量饮用黑咖啡的人群中，出现心悸症状的比例比不常喝黑咖啡的人群高出约20%。
对神经系统的影响
导致失眠问题： 咖啡因具有兴奋神经系统的作用，睡前6小时内饮用黑咖啡，约有50%的人会出现入睡困难的情况。长期依赖黑咖啡提神，还可能使神经系统对咖啡因产生依赖，一旦减少摄入，容易出现头痛、乏力等戒断症状。比如一些每天必须喝好几杯黑咖啡才能保持清醒的人，突然不喝就会感觉头痛欲裂，精神萎靡。影响神经调节： 过量的咖啡因可能干扰神经递质的正常调节，影响人的情绪状态，使人容易出现焦虑、烦躁等情绪波动。有调查显示，每天饮用黑咖啡超过4杯的人群中，出现焦虑情绪的比例比饮用少的人群高出约15%。