慢性肾脏病的成因较为复杂，多种因素都可能导致其发生。例如，约有10%的慢性肾脏病与原发性肾小球肾炎相关，这类疾病会直接损伤肾脏的肾小球等结构，影响肾脏的正常过滤等功能。
一、原发性肾脏疾病导致
肾小球肾炎： 这是常见的原发性肾脏疾病之一。比如IgA肾病，它是我国最常见的原发性肾小球肾炎类型，多在上呼吸道感染（如扁桃体炎等）1 - 3天内出现发作性肉眼血尿，长期反复发作可能逐渐进展为慢性肾脏病。膜性肾病： 好发于中老年人，起病隐匿，主要表现为肾病综合征，即大量蛋白尿、低蛋白血症、水肿、高脂血症，若不及时控制，也会慢慢发展为慢性肾脏病。
二、继发性肾脏疾病引发
糖尿病肾病： 随着糖尿病病程的延长，患糖尿病肾病的风险会增加。一般来说，糖尿病病史超过10年的患者中，约30%会发展为糖尿病肾病。其发生机制与高血糖导致的肾小球高滤过、糖化终产物形成等有关。高血压肾损害： 长期高血压会使肾小球内囊压力升高，肾小球纤维化、萎缩，肾动脉硬化，进而影响肾脏功能。一般高血压病程超过10年的患者，就有可能出现高血压肾损害相关的肾脏病变，逐渐发展为慢性肾脏病。
三、遗传性肾脏疾病所致
多囊肾： 这是一种遗传性疾病，分为常染色体显性多囊肾和常染色体隐性多囊肾，其中常染色体显性多囊肾较为常见。通常在30 - 50岁左右开始出现症状，表现为双侧肾脏出现多个大小不等的囊肿，囊肿逐渐增大，破坏肾脏结构和功能，最终导致慢性肾脏病。Alport综合征： 主要表现为血尿、肾功能进行性减退、感音神经性耳聋和眼部异常。多在儿童期或青少年期发病，男性病情往往更重，会逐渐发展为慢性肾脏病甚至肾衰竭。