发烧通常指发热。三个月宝宝发热39℃可能有以下原因：
一、环境因素：若外界环境温度过高或宝宝衣服穿得过厚，都可能致使宝宝体温升高。对此，日常应避免宝宝处于高温环境，且要适当为其减少衣物。
二、流行性感冒：宝宝抵抗力相对较弱，容易遭受流感病毒侵袭，从而引发高热、头痛、乏力、咳嗽等表现。可在医生指导下使用对乙酰氨基酚颗粒、小儿感冒颗粒等药物来进行医治。
三、幼儿急疹：这是婴幼儿常见的一种急性发热发疹性疾病，主要症状就是高热，体温常常在39℃以上。可遵医嘱服用阿昔洛韦颗粒、利巴韦林颗粒等药物来缓解。
除上述相对常见原因外，还可能有其他因素导致，例如小儿肺炎、急性胃肠炎等。若不适症状较为严重，建议及时前往医院诊治。
总结概况提示：三个月宝宝发热39℃的原因多样，包括环境因素、流行性感冒、幼儿急疹等，还可能有其他病因，需根据具体情况采取相应的措施，严重时应及时就医。